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一般来说,椰壳活性炭的工作原理可分为物理吸附和化学吸附两种。
椰壳活性炭的作用是过滤大部分可溶胶体及悬浮杂质.从而清洁水源.椰壳活性炭有大量的小孔洞.能吸附一些可溶性的胶体和大分子有机物。
一、 作为物理吸附,椰壳活性炭是一种多孔性的含炭物质, 它具有高度发达的孔隙构造, 椰壳活性炭的多孔结构为其提供了大量的表面积，能与气体（杂质）充分接触，从而赋予了椰壳活性炭所特有的吸附性能，使其非常容易达到吸收收集杂质的目的。它能象磁铁一样产生强大的吸附能力,使所有的分子之间都具有相互引力所以,椰壳活性炭孔壁上的大量分子可以产生强大的引力,形成一个巨大的“黑洞效应”,能将介质中的杂质强力吸到孔径中去。必须指出的是，这些被吸附的杂质的分子直径必须是要小于椰壳活性炭的孔径，这样才可可能保证杂质被吸收到孔径中。这也就是为什么我们通过不断地改变原材料和活化条件来创造具有不同的孔径结构的椰壳活性炭，从而适用于各种杂质吸收的应用。
在其颗粒表面形成一层平衡的表面浓度，再把有机物质杂质吸附到椰壳活性炭颗粒内，使用初期的吸附效果很高。但时间一长，椰壳活性炭的吸附能力会不同程度地减弱，吸附效果也随之下降。如果水族箱中水质混浊，水中有机物含量高，椰壳活性炭很快就会丧失过滤功能。所以，椰壳活性炭应定期清洗或更换。
椰壳活性炭的吸附能力和与水接触的时间成正比，接触时间越长，过滤后的水质越佳。注意：过滤的水应缓慢地流出过滤层。新的椰壳活性炭在**次使用前应洗涤洁净，否则有墨黑色水流出。椰壳活性炭在装入过滤器前，应在底部和顶部加铺２～３厘米厚的海绵，作用是阻止藻类等大颗粒杂质渗透进去，椰壳活性炭使用２～３个月后，如果过滤效果下降就应调换新的椰壳活性炭，海绵层也要定期更换。
椰壳活性炭颗粒的大小对吸附能力也有影响。一般来说，椰壳活性炭颗粒越小，过滤面积就越大。所以，粉末状的椰壳活性炭总面积大，吸附效果佳，但粉末状的椰壳活性炭很容易随水流入水族箱中，难以控制，很少采用。颗粒状的椰壳活性炭因颗粒成形不易流动，水中有机物等杂质在椰壳活性炭过滤层中也不易阻塞，其吸附能力强，携带更换方便。
二、作为化学吸附,除了含碳外,椰壳活性炭表面还含有少量的化学结合、功能团形式的氧和氢泰极碳雕,例如羧基、羟基、酚类、内脂类、醌类、醚类等。这些表面上含有的氧化物或化合物可以与被吸附的物质发生化学反应泰极碳雕,从而与被吸附物质结合聚集到椰壳活性炭的表面。取一个典型的例子：水处理过程中椰壳活性炭可以与水中的亚氯酸盐发生反应使亚氯酸盐变成氯离子形式,从而达到去除水中亚氯酸盐的目的,使水不再有令人反感的味道和气味。 